Der Wissenschaftler Dr. Fuji (Originalstimme: Yôsuke Akimoto) hat sich geschworen, die ultimative Waffe zu entwickelt und dafür das mächtige Pokémon Mew geklont. Das Ergebnis, das er auf den Namen Mewtwo (Masachika Ichimura) tauft, übertrifft alle Erwartungen - aber auch den Widerstand seiner Schöpfer: Erzürnt über die Umstände seiner eigenen Geburt zerstört das mächtigste aller Pokémon Dr. Fujis Labor und tötet sowohl ihn wie auch alle seine Mitarbeiter. Der Menschheit schwört er Rache dafür, dass sie ihn als Waffe grausam instrumentalisieren wollte. Einige Zeit später bekommen Ash (Sarah Natochenny) und seine Freunde Einladungen von dem angeblich größten Pokémon-Trainer, der sie für ein Match nach New Island einlädt. Doch wie sich herausstellt, handelt es sich um alles andere als einen sportlichen Wettbewerb ...
